從屬靈的眼光來看，靈性復興時也是撒但攻擊教會最厲害的時候。當美國本土正統信仰的教會鼓起勇氣，把大量的人力與物力投入宣教時，那也是宗派教會紛爭之時。許多宗派教會因教義或行政上的歧見，引起大的分裂。例如：在路德宗「美國路德宗」與「歷史路德宗」間的衝突（1864）；「美南浸信會」與「美北浸信會」之爭（1845）；長老宗之新舊派之爭（金巴倫派，西敏寺派）（1863-1870）；循道會內部之爭辯辯也產生南北派（1845）；聖公會也有高派與低派之爭（1853）；公理會也不例外（1850）。這些大宗派的分裂，有恢復的也有分裂到底的，以致形成二十世紀的宗派林立。當各宗派教會大分裂時，大部份的信徒在無所適從當中，被興起的異端信仰侵入，成為異端的俘虜。以下要介紹當時興起的異端：
- 末曰聖徒教會（摩門教）（Church of the Latter Day Saints/Mormonism）
創始人名字：約瑟史密斯（Joseph Smith， 1805-1844）
形成過程：史密斯成長於貧苦而迷信的家庭，僅受很少教育就隨淘金熱的父親西征。據稱於1823年9月在紐約州家的附近蒙天使摩龍尼引導，掘得金葉片，用神密文字寫成，1827年天使幫他把字譯出，名摩門經，金葉片於譯成後收回。於1830年在紐約州創立第一所摩門教會，會員只有六名。
史氏於1833年出版「誡命書」，1835年出版「教義與諸約」，奠定教義基礎，創導一夫多妻制，被人驅逐，於1844年6月27曰被一群憤怒的市民衝入監牢，把他及他同入獄之弟劫走殺害，教會遂立楊百罕（Brigham Young）為繼承人，以後率會眾定居猶他州。
教義：認為亞當原為神的化身，而基督，穆罕默德，史密斯，楊百罕等也是神性的表現。
- 耶和華見証人會（Jehovah‘s Witnesses）
創始人名字：查理羅素（Charles Russel， 1852-1916）
形成過程：羅素原屬賓州公理宗，小學畢業即隨父作布商生意。因懼怕永刑，與其受苦不如棄絕基督教義，在東方各神秘宗教間尋求出路而不得要領，最後回到聖經但卻隨意更改，而創出新的教義，並組織查經班實習新教義。1879年開辦一雜誌名「錫安台」，1884年辦印刷廠，出版該派各類教義，1909年到紐約開設分會，捲入很多非法行為，卻還能吸引成千上萬群眾，可見群眾的心眼已被弄瞎。羅素死後由其律師友人J。 F。 Rutherford繼任。
教義：否認1）。三一神論，2）。基督的神性論，3）。基督的復活與再來，4）。永刑，5）。其他教會的純正，6）。並相信地上一切政權皆為魔鬼的工具。
- 基督復臨安息曰會（Seventh Day Adventists）
創始人名字：威廉米勒（William Miller，1782-1849）
形成過程：米勒原為農民出身，受不多教育，多以自修為主，熱愛休謨，伏爾泰等人的懷疑論。1816年加入浸禮宗為該派牧師，在自研聖經時成為前千禧年派論者。他用但以理書8：14為根據，稱基督於1843或1844年回來，因此1843年有許多跟隨者變賣一切財產迎待該年。1844年過後，証實米勒預言不靈，不少跟隨者離去，亦有些再計算預言，因而產生數個「小異派」，其中一派領裡為Mrs. Ellen G. White，由她領導下，漸漸形成今曰的安息曰會。
教義：該派神學乃由基督教，猶太教，諾斯底主義及寓意派等教義的混合。
- 基督科學會（Christian Science）
創始人名字：瑪麗愛迪夫人（Mrs. Mary Baker Eddy，1821-1910）
形成過程：愛迪夫人本屬公理宗，童年多病及經歷很多家庭不愉快的事，及長，先後結婚三次，最後的丈夫是愛迪先生。1862年接觸神醫P。 P。 Quimby，此後便經常找他醫治她身體及心理疾病。1866年據稱她一切內外疾病霍然痊癒，無需醫藥之助。1875年出版此派聖經「科學和健康與聖經對照」一書。1879年於波士頓創立自己首間教會。1881年創設麻省玄學學院，再二年出版其主要喉舌「基督教科學論壇」，為每曰時報及教義宣傳之媒介。
教義：此派為古今奇觀之異端，即是古代的諾斯底主義，泛神論，佛教等為參雜混合的教義。
- 基督徒教會（Disciples of Christ）
創始人名字：湯姆斯坎伯爾（Thomas Campbell， 1763-1854）
形成過程：北愛爾蘭長老宗牧師坎伯爾於1807年來美，發動一個團結運動，想要把所有基督徒團結在聖經的基礎上。起初他們歸屬浸禮會，後來他們常與浸禮宗發生歧見，結果在1827年正式決裂自成一宗派。因創始人為坎伯爾，故亦稱此派為「坎伯爾主義」。此派視地區而異，多有信仰純正者，而一些可以歸歸入異端之列。
教義：他們相信舊約權威不及新約，浸禮是得救的條件，牧師與信徒無階級之分。
